DNA甲基化是指由S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine, SAM)提供甲基、在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT)的催化下,在胞嘧啶的C5位上面加上一个甲基,形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)的化学修饰过程。DNA甲基转移酶(如DNMTs)与DNA去甲基化酶(如TET蛋白等)调控基因组DNA序列甲基化的动态变化,一般来说,基因启动子区CpG岛的甲基化可以使一些转录因子无法与DNA结合而抑制基因的转录,而该区域的去甲基化则可以激活基因的转录。
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后再CpG岛两端设计引物进行PCR,将目的产物纯化后进行TA克隆,每个克隆挑取阳性克隆测序,最后将测得的序列与原始序列比对,统计甲基化位点及数量,并分析甲基化程度。
BSP(Bisulfite Sequencing PCR,BSP)克隆测序法,是目前甲基化检测的通用方法。
CpG position |
26 |
110 |
124 |
204 |
Total |
Me-CpG |
10/10 |
0/10 |
0/10 |
0/10 |
10/40 |