分子互作
Co-IP（Co-Immunoprecipitation）
免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation，Co-IP)技术是以抗原、抗体间的特异性免疫反应为基础，研究蛋白质间相互作用的经典方法。与其它研究蛋白质相互作用的方法相比，免疫共沉淀是在生理条件下检测蛋白质间相互作用，因此，不仅可以检测到体内形成的天然复合体，而且可排除过表达靶蛋白所带来的假阳性；由于内源性的靶蛋白是完全加工、修饰成熟的蛋白质，因此，依赖于修饰的蛋白质间相互作用也可以被检测到。
实验原理
免疫共沉淀技术原理是以细胞内源性靶蛋白(protein X)为诱饵，将protein X的抗体与细胞总蛋白进行共孵育，促进免疫复合物的形成；随后加入能够与抗体Fc段结合的protein A/G(预先结合固化在琼脂糖微珠上)，这样在protein X所在的环境中与其有相互作用的蛋白(protein Y)会被一起沉淀下来，形成"结合蛋白-靶蛋白-靶蛋白抗体-protein A/G微珠"复合物，纯化该复合物后凝胶电泳分离蛋白，应用Western blot 或者质谱技术鉴定靶蛋白的结合蛋白。
ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )
ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种同时分析lncRNA/circRNA、蛋白及DNA三者互作关系的实验方法。利用lncRNA/circRNA ChIRP probe可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子。结合蛋白质谱技术，可鉴定lncRNA在染色质水平所结合的蛋白质。
技术应用：
n lncRNA/circRNA结合蛋白鉴定
n lncRNA/circRNA染色体结合位点鉴定
n lncRNA/circRNA转录调控机制探索
目标分子检测方法：
n RNA：NGS或qRT-PCR检测
n DNA：NGS或qPCR检测
n 蛋白：质谱鉴定
ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）
染色质免疫沉淀（ChIP）实验通过组蛋白修饰（表观遗传学）或转录因子-DNA 结合相互作用，监测转录调控，识别基因组和蛋白质组之间的联系。
技术应用：
ChIP-seq：通过特异性抗体（转录因子或组蛋白修饰），将待研究的目标DNA结合蛋白-DNA形成的复合物沉淀下来，从而获取该蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序，即可获得该蛋白在染色体上结合的情况。
ChIP qPCR：ChIP-qPCR 完美结合了ChIP 技术和实时定量PCR技术。ChIP 技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/ 组蛋白修饰结合的DNA 片段；qPCR 技术使用SYBR 荧光染料，特异性的掺入DNA 双链，发射荧光，保证荧光信号的增加与PCR 产物的增加完全同步，最后利用Ct 值进行定量分析。ChIP-qPCR 能够专一，灵敏，快速，高重复地定量生物样品中特定转录因子/ 组蛋白修饰与已知DNA的结合。
CUT＆Tag是“Cleavage Under Targets and Tagmentation”的缩写，是一种用来研究蛋白质和DNA之间的相互作用，并确定目标蛋白质的DNA结合位点的方法，其技术目标和Chip-seq类似。CUT＆Tag中，首先使细胞膜具有通透性，然后加入目标蛋白的一抗孵育，进而和二抗孵育，最后加入proteinA-Tn5和测序接头的复合物。Tn5将通过pA-抗体的相互作用定位到靶蛋白上，然后加入Mg2+激活TN5的转座酶活性，通过转座切割目标蛋白周边DNA并将测序接头连接上去。最后经过PCR即可获得测序文库。
